Los organismos autónomos no obtienen dinero para ejercer sus funciones de otra vía que no sea el presupuesto público; lo anterior se obtiene por una solicitud presupuestal que se realiza luego de un análisis objetivo, motivado y fundamentado interno de parte de cada autoridad y con base en esos elementos presenta un presupuesto para su aprobación en la Cámara de Diputados o el Congreso de alguna entidad federativa.
El Congreso decide aprobar el presupuesto o presentar modificaciones, en el caso de que se presenten modificaciones se deben tomar en cuenta dos elementos:
- Que estén debidamente justificadas.
- Que no sean modificaciones muy drásticas.
Si no se contemplan estos dos elementos, se puede afectar el funcionamiento y el cumplimiento de estas autoridades y por lo tanto los derechos que estos órganos autónomos garantizan a la ciudadanía.